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PUROL-1407; No. of Pages 7 Progrès en urologie (2015) xxx, xxx—xxx
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MISE AU POINT
Mise au point : les uropathogènes émergents Emerging uropathogens: Point for urologists and biologists C. Le Brun a,∗, S. Robert a, F. Bruyere b, P. Lanotte a a
Laboratoire de bactériologie-virologie, hôpital Bretonneau, CHRU de Tours, 2, boulevard Tonnelé, 37044 Tours cedex, France b Service d’urologie, hôpital Bretonneau, CHRU de Tours, 2, boulevard Tonnelé, 37044 Tours cedex, France Rec ¸u le 3 novembre 2014 ; accepté le 30 janvier 2015
MOTS CLÉS Uropathogène ; Actinobaculum ; Aerococcus ; Alloscardovia ; Trueperella
∗
Résumé Introduction. — Les avancées technologiques effectuées ces dernières années en identification bactérienne grâce à la biologie moléculaire et la spectrométrie de masse ou Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF) ont permis de mettre en évidence de nouvelles bactéries impliquées dans les infections du tractus urinaire. Le but de cette revue est de faire connaître aux cliniciens ces différents germes afin qu’ils pensent à les rechercher spécifiquement chez une population ciblée et d’aider les biologistes à les suspecter et les identifier. Méthode. — Une recherche bibliographique a été effectuée sur la base MEDLINE à l’aide des mots clés Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella. Résultats. — Si Aerococcus sp. est maintenant bien connu, Actinobaculum sp., Alloscardovia sp. et Trueperella sp. sont rarement isolés et sont méconnus des cliniciens. Ces germes pourraient avoir une importance sous-estimée du fait des difficultés d’identification et d’isolement qui existaient au préalable. On les retrouve plus particulièrement chez des personnes âgées, présentant des pathologies sous-jacentes ou des facteurs de risque urologiques favorisants des infections du tractus urinaire. Actinobaculum schaalii peut également être retrouvé chez les jeunes enfants. Conclusion. — Aerococcus sp. et A. schaalii sont de véritables uropathogènes à ne pas méconnaître. Des études complémentaires demeurent cependant nécessaires pour affirmer l’implication particulière de Trueperella sp. et Alloscardovia sp. en pathologie urinaire. © 2015 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (C. Le Brun).
http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021 1166-7087/© 2015 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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C. Le Brun et al.
KEYWORDS Uropathogen; Actinobaculum; Aerococcus; Alloscardovia; Trueperella
Summary Introduction. — Technological advances during the last years in bacterial identification by molecular biology and mass spectrometry, or Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF) have allowed identifying new bacteria involved in urinary tract infections. The purpose of this review is to familiarize clinicians with these bacteria so that they can look at a particular target population and help biologists to suspect and identify them. Method. — A bibliographic research was performed using the Medline database concerning the keywords Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella. Results. — If Aerococcus sp. is now well known, Actinobaculum sp., Alloscardovia sp. and Trueperella sp. remain rarely isolated and unknown from clinicians. Importance of these germs could be underestimated because of the identifying and isolation difficulties which existed beforehand. They are particularly found in a population of elderly people with underlying conditions or urological risk factors of urinary tract infection. Actinobaculum schaalii is also found more frequently in young children. Conclusion. — Aerococcus sp. et A. schaalii are true uropathogens not to be underestimated. Further studies are still needed to confirm the specific involvement of Trueperella and Alloscardovia in urinary diseases. © 2015 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
Introduction
Résultats
Depuis quelques années, les cliniciens ont découvert des bactéries jusqu’alors inconnues, responsables d’infections du tractus urinaires (ITU). Ces changements dans l’épidémiologie des ITU sont en grande partie dus aux avancées technologiques en bactériologie que sont la biologie moléculaire et la spectrométrie de masse ou Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF). S’il n’est pas rare de retrouver les genres Aerococcus et Actinobaculum parmi les responsables d’ITU, Trueperella et Alloscardovia restent encore à étudier. Le but de cette mise au point est de faire connaître aux cliniciens le pouvoir pathogène de ces différentes bactéries et d’attirer leur attention sur une population de malades chez qui il ne faut pas les négliger. Le Tableau 1 rassemble les principales caractéristiques de ces bactéries.
Aerococcus : Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola et Aerococcus viridans : les plus fréquents mais encore mal reconnus
Méthode La base de donnée de la National Library of Medicine (NLM, Bethesda, États-Unis) a été interrogée (outil Pubmed). Les mots clés « Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella » ont été successivement croisés avec les mots urology, infection, urinary tract infection, bacteremia. Les rares revues en langue anglaise ont été sélectionnées. La bibliographie des articles sélectionnés a été examinée pour chaque pathogène afin d’y trouver des articles complémentaires concernant leur implication en pathologie, leur sensibilité aux antibiotiques et leur traitement. Une synthèse a été établie pour chaque pathogène urinaire concernant la taxonomie, les caractères morphologiques et culturaux, l’habitat et le pouvoir pathogène, les manifestations cliniques, le diagnostic microbiologique, la sensibilité aux antibiotiques et le traitement.
Le genre Aerococcus est connu depuis 1953. Il existe 7 espèces décrites à ce jour (http://bacterio.cict.fr) : A. viridans, A. urinae, A. sanguinicola, Aerococcus christensenii, Aerococcus urinaehominis, Aerococcus urinaeequi et Aerococcus suis. Dans les ITU, ce sont principalement A. urinae et A. sanguinicola que l’on retrouve et dans une moindre mesure A. viridans [1]. A. viridans est très ubiquiste, retrouvé dans des prélèvements variés, au contraire d’A. urinae qui est spécifique du tractus urinaire. Les Aerococcus sont des cocci à Gram positif groupés en paires, tétrades ou amas pouvant facilement les faire confondre avec des staphylocoques à l’examen direct. Leur culture se fait sur gélose au sang incubée sous 5 % de CO2 . En 48 h, apparaissent de petites colonies alpha-hémolytiques dont la catalase est négative pouvant orienter vers un streptocoque. Ces difficultés d’identification ont certainement contribué à la sous-estimation des infections à Aerococcus spp. L’habitat normal d’A. urinae n’est pas connu. Le tube digestif pourrait représenter le réservoir au même titre que les autres pathogènes urinaires. Sur le plan du pouvoir pathogène, les cas publiés d’infections humaines à A. urinae et A. sanguinicola concernent surtout des infections urinaires qui surviennent habituellement chez des sujets âgés, ayant dans la moitié des cas des facteurs prédisposants systémiques (diabète, cancer) ou locaux (cathétérisme, hypertrophie prostatique) [1—4]. En dehors des cas d’infection urinaire, A. urinae et A. sanguinicola ont été reconnus responsables de septicémies et d’endocardites, à point de départ urinaire [5—7]. A. urinae possède la capacité d’activer et d’aggréger les
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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Tableau 1 Caractéristiques morphologiques, aspect au Gram (grossissement × 1000), conditions de croissance, méthodes d’identification et traitement des différents uropathogènes. Bactérie
Morphologie au Gram
Milieu de culture et atmosphère
Identification
Traitement actif
Aerococcus urinae
Cocci à Gram positif en paires, tétrades et amas
Gélose au sang sous CO2
Rapid32Strep, Vitek, MALDI-TOF
Bêtalactamines, Fosfomycine, Glycopeptides
Aerococcus sanguinicola
Cocci à Gram positif en paires, tétrades et amas
Gélose au sang sous CO2
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, cotrimoxazole, glycopeptides
Actinobaculum schaalii
Bacilles courts à Gram positif irréguliers
Gélose au sang Anérobiose préférentielle
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, nitrofurantoine, glycopeptides
Alloscardovia omnicolens
Bacilles à Gram positif fins et irréguliers
Gélose au sang Anérobiose préférentielle
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, cotrimoxazole, glycopeptides, fluroquinolones
Trueperella bernardiae
Coccobacilles à Gram positif
Gélose au sang sous CO2 ou anaérobiose
MALDI-TOF ou séquenc ¸age, (ApiCoryne avec inoculum fort)
Bêtalactamines, glycopeptides, fluroquinolones
plaquettes humaines ainsi que celle de former un biofilm, ce qui participe à la formation de végétations sur les valves cardiaques mais aussi certainement à la colonisation de sondes urinaires [8]. Dans une étude menée au CHU Henri-Mondor, sur 350 urines positives à cocci Gram positif et catalase négative autres que entérocoques (2,3 % des ECBU positifs), 30 Aerococcus ont été retrouvés : 20 A. urinae, 2 A. viridans, 8 A. sanguinicola (8,6 %). Aerococcus spp. était retrouvé en culture pure dans 38 % des cas. Cinq cas étaient associés à des entérobactéries [2]. L’analyse cyto-bactériologique
des urines montrait une leucocyturie entre 40 000 et 500 000/mm3 , des cocci à Gram positif en amas à l’examen direct et des petites colonies alpha-hémolytiques en quantité supérieure à 105 UFC/mL en culture. La population infectée était en majorité constituée d’hommes âgés en perte d’autonomie vivant en institution. Des facteurs urologiques favorisants d’ITU étaient présents chez 31 % des patients (incontinence, sonde, pathologies urologiques) et 48 % avaient des conditions favorisantes (pathologies neuro-dégénératives, diabète, anticholinergiques). Beaucoup de ces patients avaient des infections urinaires
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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récidivantes. Une étude réalisée à la Mayo Clinic sur 92 patients et 118 épisodes d’infections urinaires retrouve 52 A. sanguinicola et 66 A. urinae avec une majorité de femmes institutionnalisées, un âge moyen des patients de 82 ans et une pathologie prostatique chez 60 % des hommes [7]. A. urinae et A. sanguinicola sont des germes aéroanaérobies dont la croissance est favorisée par l’incubation sous CO2 . En routine, les urines ne sont pas incubées sous CO2 , ce qui peut en partie expliquer la sous-estimation de cette espèce. Les géloses au sang contenant de l’acide nalidixique et de la colistine (ANC) permettent de les sélectionner dans des prélèvements où ils sont associés à des bacilles à Gram négatif. La culture est possible sur différents milieux chromogènes urinaires, les colonies sont très fines, petites et de couleur variable suivant les milieux après 24 à 48 h d’incubation. Sur gélose au sang, les colonies apparaissent alpha-hémolytiques de très petite taille après 24 h d’incubation, plus nettes après 48 heures d’incubation. Le diagnostic différentiel se pose avec les organismes streptocoques-like. Les galeries miniaturisées API32 STREP (bioMérieux) permettent une excellente identification de A. urinae. L’identification biochimique avec le système vitek GP n’est pas mauvaise pour A. urinae et A. viridans. Pour A. sanguinicola, il faut être prudent avec les identifications rendues par les galeries : une grande partie des souches rendues A. viridans auparavant pourraient être des A. sanguinicola. Il faut être vigilant si l’indice de typicité T est faible alors que le pourcentage d’identification est élevé. La mise à jour des bases de données est nécessaire. Il faut confirmer l’identification par MALDI-TOF ou séquenc ¸age du gène de l’ARNr16S ou du gène sodA. La spectrométrie de masse MALDI-TOF (Bruker Daltonics microflex LT system) permet une identification rapide et fiable des Aerococcus au rang d’espèce [9]. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, A. urinae et A. sanguinicola sont sensibles aux bêtalactamines : ils ont des CMI très basses aux pénicillines et relativement basses aux céphalosporines et carbapénèmes [10,11]. A. viridans a des CMI plus élevées aux pénicillines et des cas de résistance acquise sont décrits [2]. Les Aerococcus spp., sont sensibles aux glycopeptides, à la rifampicine, aux cyclines, au linézolide et à la gentamicine. Ils sont inconstamment sensibles aux macrolides [1,2,7,12]. Les études portant sur la sensibilité d’A. urinae au cotrimoxazole sont contradictoires : il est intrinsèquement résistant aux sulfamides et la plupart des études le décrivent résistant au triméthoprime mais il semblerait que cela dépende du milieu utilisé pour le tester [1,2,13]. La sensibilité d’A. sanguinicola au cotrimoxazole est variable selon les études [2,6,11]. L’activité des fluoroquinolones est variable : pour la lévofloxacine, le pourcentage de résistance varie de 0 à 30 % chez A. urinae, et semblerait plus fréquente chez A. sanguinicola [1,7]. Parmi les antibiotiques utilisés dans le traitement des infections urinaires, la fosfomycine a une activité sur A. urinae mais pas sur A. sanguinicola [2,14]. La nitrofurantoine serait active sur A. urinae mais il n’y a pas de données pour A. sanguinicola [13]. Le traitement repose donc sur les bêtalactamines en cas d’infection urinaire simple. Elles peuvent être associées à un aminoside en cas d’infection urinaire compliquée ou de bactériémie. En cas d’allergie à la pénicilline, la vancomycine est une alternative.
Actinobaculum spp. : un pathogène urinaire certainement sous-estimé Le genre Actinobaculum a été créé assez récemment, en 1997 [15]. Il appartient à la famille des Actinomycetaceae. Ce sont des bacilles à Gram positif qui sont proches des espèces des genres Arcanobacterium, Mobiluncus et Actinomyces. Il existe 4 espèces décrites à ce jour : Actinobaculum schaalii, Actinobaculum urinale, Actinobaculum massiliae et Actinobaculum suis (http://bacterio.cict.fr). Actinobaculum suis n’est décrit qu’en médecine vétérinaire, A. urinale et A. massiliae n’ont été retrouvés que dans de très rares cas d’infections humaines. En revanche, A. schaalii a été retrouvé dans plus de 130 cas d’infections humaines depuis 2005 et particulièrement dans des ITU [16]. A. schaalii est un petit bacille court, pléiomorphe à Gram positif, non sporulé et immobile. Il possède peu d’activités enzymatiques et est anaérobie préférentiel. Sa croissance est lente : il forme de petites colonies sur gélose au sang incubée 48 h en anaérobiose ou sous 5 % de CO2 . Le réservoir de cette bactérie est inconnu, c’est un commensal du tractus urogénital. Il est principalement retrouvé dans les urines mais aussi au niveau de la peau et de la muqueuse vaginale. Il est absent du tube digestif [17]. A. schaalii est un pathogène opportuniste probablement sous-estimé ou considéré à tort comme un contaminant. Dans une étude de Bank et al. recherchant A. Schaalii dans les urines par une technique de PCR quantitative, la prévalence était estimée à 16 % mais passait à 22 % chez les sujets âgés [18]. L’existence de conditions prédisposantes telles qu’un âge > 60 ans ou < 3 ans ou une pathologie urinaire sous-jacente favorise le portage. Il est souvent difficile de faire la distinction entre colonisation et infection. Une autre étude de Bank et al. montre que chez 13 % des sujets âgés, de l’ADN d’A. schaalii peut être détecté dans les urines sans qu’il n’y ait de signes cliniques [19]. Les manifestations cliniques engendrées par A. schaalii sont diverses mais dans 75 % des cas, il s’agit d’ITU allant de la cystite à la pyélonéphrite et l’urosepsis grave [19—24]. Les prélèvements biologiques dans lesquels on le retrouve sont donc principalement les urines et les hémocultures. Quatre-vingt-dix-neuf pour cent des patients infectés ont plus de 65 ans et sont majoritairement des hommes (H/F 1,5). La plupart ont les facteurs de risques urologiques suivants : incontinence, sonde urinaire ou JJ, adénome ou adénocarcinome prostatique, vessie neurologique, calculs rénaux, sténose de l’urètre, cystocèle, insuffisance rénale chronique, pyonéphrose, hydronéphrose, anomalies de la jonction pyélo-urétérale [16]. Comment faire son diagnostic ? Il faut un bactériologiste vigilant. Sur des urines infectées avec de nombreux leucocytes, de nombreux bacilles Gram positif à l’examen direct et une bandelette urinaire négative pour les nitrites ainsi qu’une absence de croissance bactérienne sur les milieux habituels ensemencés pour les urocultures, il faut y penser et ensemencer une gélose au sang en anaérobiose. Les colonies de A. schaalii apparaissent petites, alpha-hémolytiques en 48 h. L’identification biochimique de ce germe par les techniques classiques d’identification en galeries (API, Vitek, phoenix) est mise en défaut. Une identification fiable peut se faire par séquenc ¸age du gène rrs codant pour l’ARNr 16S. Parmi les spectromètres de masse MALDI-TOF, le
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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Mise au point : les uropathogènes émergents Microflex Biotyper (Bruker Daltonik) permet l’identification d’A. schaalii, ce que ne permet pas le VitekMS (bioMérieux) pour l’instant (profil de Gardnerella vaginalis ou Actinomyces meyeri dans notre expérience) [16]. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, A. schaalii est sensible aux bêtalactamines, à la vancomycine, aux furanes, aux cyclines, au linézolide et à la gentamicine [22,25,26]. Il est inconstamment sensible aux macrolides. Les fluoroquinolones et le cotrimoxazole sont presque constamment inactifs. Ces deux dernières classes d’antibiotiques sont pourtant fréquemment utilisées en urologie, ce qui peut aussi expliquer des récidives d’infections à germes non identifiés. Cependant les nouvelles fluoroquinolones antipneumococciques (moxifloxacine et lévofloxacine) ont souvent une bonne activité [26]. Bien que le mecillinam puisse être un antibiotique de choix dans les ITU, sa sensibilité est variable : une étude rapporte 18 isolats avec des CMI très basses et une autre 28 % de résistance [19,25]. Le traitement repose donc sur les bêtalactamines (amoxicilline, céfuroxime, ceftriaxone) associées ou non à un aminoside (gentamicine) pour une durée d’au moins 2 semaines. Il n’existe pas de consensus à ce sujet mais des récidives ont eu lieu lors de traitements courts.
Alloscardovia omnicolens : le dernier né Le genre Alloscardovia décrit en 2007 est rattaché à la famille des Bifidobacteriaceae. Il comprend à ce jour une seule espèce : A. omnicolens. Ce sont des bacilles fins et irréguliers à Gram positif (avec parfois des zones Gram négatif), immobiles et non sporulés. Leur croissance se fait en anaérobiose sur gélose au sang en 24—48 h à 35 ◦ C. Les colonies sont de petite taille (< 1 mm) avec parfois une légère hémolyse en 48 h. L’habitat naturel d’A. omnicolens n’est pas connu. C’est probablement un commensal du tractus urogénital. Il est principalement retrouvé dans les urines, mais aussi dans la cavité orale, l’urètre et la muqueuse vaginale [27,28]. Une trentaine de cas d’infections à A. omnicolens sont actuellement rapportés dans la littérature dont 21 infections urinaires [29]. A. omnicolens est très difficile à identifier avec les méthodes phénotypiques traditionnelles et les méthodes d’identification conventionnelles (API, Vitek) et c’est sans doute cela qui en fait un germe méconnu. Au CHU de Caen, sur 15 souches cliniques testées, l’identification a été possible par MALDI-TOF (Bruker) pour quatorze d’entre elles. L’identification par biologie moléculaire reste une méthode de choix : 100 % des souches identifiées à l’espèce par séquenc ¸age du gène rrs et du gène hsp60 [29]. Le diagnostic bactériologique d’une ITU à A. omnicolens doit être évoqué devant une ITU chez un patient immunodéprimé, âgé ou avec des antécédents de pathologie rénale, la présence d’une leucocyturie et des bacilles à Gram positif à l’examen direct alors que les cultures sur milieux usuels sont négatives. Le bactériologiste doit être amené à ensemencer des milieux riches qui seront incubés en anaérobiose et sous CO2 . A. omnicolens ne pose pas de problèmes particuliers de résistance. Cette bactérie est sensible aux bêtalactamines, au cotrimoxazole, aux quinolones, à la gentamicine et la vancomycine. Sa sensibilité aux macrolides est variable. Le traitement de choix est basé sur les bêtalactamines et en particulier les pénicillines. Elles peuvent être associées
5 aux fluoroquinolones. Les alternatives possibles sont le cotrimoxazole et les glycopeptides. Un des problèmes du traitement repose sur l’utilisation en traitement empirique des furanes car 42 % des souches sont résistantes.
Trueperella bernardiae : futur uropathogène émergent ? Le genre Trueperella a été créé récemment en 2011. Les progrès en identification génotypique par séquenc ¸age du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S ont entraîné des changements taxonomiques dans la classification de ces bactéries corynéformes, les rangeant dans les Actinomyces ou Arcanobacterium, malgré l’absence typique de ramification et l’anaérobiose préférentielle. T. bernardiae s’est d’abord appelée Actinomyces puis Arcanobacterium. Les Trueperella sont des bacilles à Gram positif, courts, coccobacillaires. Il y a 5 espèces décrites à ce jour : Trueperella pyogenes (1903), T. bernardiae (1995), Trueperella bialowiezense (2006), Trueperella bonasi (2006) et Trueperella abortisuis (2009) [30] (www.bacterio.cict.fr/). Son habitat est mal connu. Le genre Trueperella est saprophyte des muqueuses des mammifères. Chez l’homme, le réservoir de cette bactérie est méconnu même si une origine cutanée est parfois évoquée. Les infections documentées à T. bernardiae sont rares. T. bernardiae a été isolé d’abcès cutanéo-muqueux, de septicémies, d’arthrites, d’ostéites, d’un abcès périnéphrétique compliqué d’un pyothorax, d’infections urinaires parfois sévères chez des patients porteurs d’une dérivation urétéro-iléale [31—34]. Son véritable rôle pathogène est encore mal connu. L’identification de T. bernardiae n’est pas facile. C’est un bacille à Gram positif immobile, plutôt cocco-bacillaire et ne prenant pas la coloration de Ziehl. Il pousse en 48 h, préférentiellement en anaérobiose ou sous 5 % de CO2 sur gélose au sang sous forme de petites colonies blanches, d’activité hémolytique variable. Ils sont dépourvus de catalase. L’identification phénotypique peut se faire avec des systèmes commerciaux. Sur galerie API Coryne (bioMérieux), un fort inoculum est recommandé, l’identification pouvant sinon orienter vers Gardnerella vaginalis. Sur Vitek 2 (bioMérieux), la carte Vitek GP dont la base de données ne comprend pas Trueperella peut rendre G. vaginalis et la carte Vitek ANC, A. meyeri alors qu’elle comprend Trueperella pyogenes. Le MALDI-TOF les identifie parfaitement. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, T. bernardiae est en règle générale très sensible aux antibiotiques. Les bêtalactamines, la rifampicine, les tétracyclines ont des CMI très basses. Les aminosides et les quinolones ont une activité réduite ; le métronidazole n’est pas actif sur Trueperella. Les glycopeptides semblent avoir une bonne activité sur T. bernardiae. Les macrolides ont une excellente activité et sont une alternative au traitement par les bêtalactamines dans des infections autres qu’urinaires. Les traitements des différents cas d’infections humaines à T. bernardiae ont été menés avec succès par bêtalactamines (amoxicilline), clindamycine et acide fusidique, ainsi qu’une association de rifampicine et d’ofloxacine [32—34]. Même si les cas d’infection urinaire à T. bernardiae restent rares, les progrès réalisés en identification bactérienne
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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devraient permettre d’éclaircir son implication dans cette pathologie. Il ne faut cependant pas le méconnaître chez des patients avec des pathologies urologiques préexistantes ou porteurs de sondes de dérivation.
Discussion Les bacilles à Gram positif et les cocci à Gram positif autres que les entérocoques sont généralement considérés comme des contaminants non pathogènes dans les infections du tractus urinaire. Même si Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia et Trueperella sont rares, ils n’en sont pas moins cliniquement importants. Ils ont certainement été sous-estimés du fait de leur isolement difficile nécessitant des conditions d’incubation particulières mais également en raison des performances médiocres des méthodes conventionnelles d’identification. De plus, ils sont souvent associés à d’autres pathogènes urinaires comme des entérobactéries ou des entérocoques et de ce fait même si l’on voit sur la gélose d’autres petites colonies, elles sont souvent considérées comme une contamination par une flore urogénitale. Il n’est pas rare de retrouver Actinobaculum et Aerococcus en association. Les outils tels que le séquenc ¸age moléculaire et le MALDI-TOF sont nécessaires pour permettre une identification plus performante de ces espèces avec dans certains cas la nécessité de compléter les bases de données. Ils constituent peut-être une cause plus fréquente d’ITU que la part qui leur est attribuée. Des recommandations récentes viennent d’être publiées concernant l’optimisation de la détection et de l’identification d’A. schaalii dans les urines [35]. Elles encouragent les urologues, les pédiatres et tous les cliniciens à alerter le bactériologiste devant des patients présentant des ITU récidivantes inexpliquées ou des patients avec des ITU ne répondant pas au cotrimoxazole ou à la ciprofloxacine afin de s’assurer que l’urine ait bien été incubée sous CO2 ou en anaérobiose. Pour les bactériologistes, il est recommandé de réensemencer l’urine sur une gélose au sang incubée sous CO2 ou en anaérobiose pendant 48 h si l’urine provient de patients âgés, de petits enfants ou de patients avec des ITU récidivantes qui présentent une leucocyturie alors qu’il n’y a pas de croissance bactérienne en aérobiose. Si de petites colonies grises, dimorphiques, catalase négative poussent sur la gélose et qu’il s’agit de bacilles à Gram positif courts et pléiomorphes, l’identification doit être poursuivie par MALDI-TOF ou séquenc ¸age de l’ARNr 16S. Ces recommandations pourraient être étendues aux autres uropathogènes décrits dans l’article.
Conclusion Même si la détection optimale de ces uropathogènes passe par un examen direct systématique et l’incubation sur une gélose au sang sous CO2 de toutes les urines, cela apparaît difficilement réalisable en routine. Il nous paraîtrait cependant judicieux de cibler les urines des patients à risque (personnes âgées, enfant < 3 ans, récidive d’infection, facteurs de risque urologique) qui présentent une leucocyturie pour réaliser une coloration de Gram sur les urines. Si des bacilles à Gram positif ou des cocci à Gram positif sont retrouvés, dans ce cas il sera indispensable d’ensemencer
une gélose au sang sous CO2 ou en anaérobiose avec éventuellement un disque de ciprofloxacine et de cotrimoxazole pour les bacilles à Gram positif. L’identification de toutes les petites colonies grises ou alpha-hémolytiques pouvant faire évoquer une contamination par une flore génitale doit se faire de manière plus systématique lorsqu’une leucocyturie est présente et ce même en présence de bacilles à Gram négatif associés. Néanmoins des études prospectives méritent d’être mises en place pour connaître précisément le rôle de ces nouveaux pathogènes dans les pathologies urinaires.
Déclaration d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
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Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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PUROL-1407; No. of Pages 7 Progrès en urologie (2015) xxx, xxx—xxx
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MISE AU POINT
Mise au point : les uropathogènes émergents Emerging uropathogens: Point for urologists and biologists C. Le Brun a,∗, S. Robert a, F. Bruyere b, P. Lanotte a a
Laboratoire de bactériologie-virologie, hôpital Bretonneau, CHRU de Tours, 2, boulevard Tonnelé, 37044 Tours cedex, France b Service d’urologie, hôpital Bretonneau, CHRU de Tours, 2, boulevard Tonnelé, 37044 Tours cedex, France Rec ¸u le 3 novembre 2014 ; accepté le 30 janvier 2015
MOTS CLÉS Uropathogène ; Actinobaculum ; Aerococcus ; Alloscardovia ; Trueperella
∗
Résumé Introduction. — Les avancées technologiques effectuées ces dernières années en identification bactérienne grâce à la biologie moléculaire et la spectrométrie de masse ou Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF) ont permis de mettre en évidence de nouvelles bactéries impliquées dans les infections du tractus urinaire. Le but de cette revue est de faire connaître aux cliniciens ces différents germes afin qu’ils pensent à les rechercher spécifiquement chez une population ciblée et d’aider les biologistes à les suspecter et les identifier. Méthode. — Une recherche bibliographique a été effectuée sur la base MEDLINE à l’aide des mots clés Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella. Résultats. — Si Aerococcus sp. est maintenant bien connu, Actinobaculum sp., Alloscardovia sp. et Trueperella sp. sont rarement isolés et sont méconnus des cliniciens. Ces germes pourraient avoir une importance sous-estimée du fait des difficultés d’identification et d’isolement qui existaient au préalable. On les retrouve plus particulièrement chez des personnes âgées, présentant des pathologies sous-jacentes ou des facteurs de risque urologiques favorisants des infections du tractus urinaire. Actinobaculum schaalii peut également être retrouvé chez les jeunes enfants. Conclusion. — Aerococcus sp. et A. schaalii sont de véritables uropathogènes à ne pas méconnaître. Des études complémentaires demeurent cependant nécessaires pour affirmer l’implication particulière de Trueperella sp. et Alloscardovia sp. en pathologie urinaire. © 2015 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (C. Le Brun).
http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021 1166-7087/© 2015 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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C. Le Brun et al.
KEYWORDS Uropathogen; Actinobaculum; Aerococcus; Alloscardovia; Trueperella
Summary Introduction. — Technological advances during the last years in bacterial identification by molecular biology and mass spectrometry, or Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF) have allowed identifying new bacteria involved in urinary tract infections. The purpose of this review is to familiarize clinicians with these bacteria so that they can look at a particular target population and help biologists to suspect and identify them. Method. — A bibliographic research was performed using the Medline database concerning the keywords Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella. Results. — If Aerococcus sp. is now well known, Actinobaculum sp., Alloscardovia sp. and Trueperella sp. remain rarely isolated and unknown from clinicians. Importance of these germs could be underestimated because of the identifying and isolation difficulties which existed beforehand. They are particularly found in a population of elderly people with underlying conditions or urological risk factors of urinary tract infection. Actinobaculum schaalii is also found more frequently in young children. Conclusion. — Aerococcus sp. et A. schaalii are true uropathogens not to be underestimated. Further studies are still needed to confirm the specific involvement of Trueperella and Alloscardovia in urinary diseases. © 2015 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
Introduction
Résultats
Depuis quelques années, les cliniciens ont découvert des bactéries jusqu’alors inconnues, responsables d’infections du tractus urinaires (ITU). Ces changements dans l’épidémiologie des ITU sont en grande partie dus aux avancées technologiques en bactériologie que sont la biologie moléculaire et la spectrométrie de masse ou Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight (MALDI-TOF). S’il n’est pas rare de retrouver les genres Aerococcus et Actinobaculum parmi les responsables d’ITU, Trueperella et Alloscardovia restent encore à étudier. Le but de cette mise au point est de faire connaître aux cliniciens le pouvoir pathogène de ces différentes bactéries et d’attirer leur attention sur une population de malades chez qui il ne faut pas les négliger. Le Tableau 1 rassemble les principales caractéristiques de ces bactéries.
Aerococcus : Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola et Aerococcus viridans : les plus fréquents mais encore mal reconnus
Méthode La base de donnée de la National Library of Medicine (NLM, Bethesda, États-Unis) a été interrogée (outil Pubmed). Les mots clés « Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia, Trueperella » ont été successivement croisés avec les mots urology, infection, urinary tract infection, bacteremia. Les rares revues en langue anglaise ont été sélectionnées. La bibliographie des articles sélectionnés a été examinée pour chaque pathogène afin d’y trouver des articles complémentaires concernant leur implication en pathologie, leur sensibilité aux antibiotiques et leur traitement. Une synthèse a été établie pour chaque pathogène urinaire concernant la taxonomie, les caractères morphologiques et culturaux, l’habitat et le pouvoir pathogène, les manifestations cliniques, le diagnostic microbiologique, la sensibilité aux antibiotiques et le traitement.
Le genre Aerococcus est connu depuis 1953. Il existe 7 espèces décrites à ce jour (http://bacterio.cict.fr) : A. viridans, A. urinae, A. sanguinicola, Aerococcus christensenii, Aerococcus urinaehominis, Aerococcus urinaeequi et Aerococcus suis. Dans les ITU, ce sont principalement A. urinae et A. sanguinicola que l’on retrouve et dans une moindre mesure A. viridans [1]. A. viridans est très ubiquiste, retrouvé dans des prélèvements variés, au contraire d’A. urinae qui est spécifique du tractus urinaire. Les Aerococcus sont des cocci à Gram positif groupés en paires, tétrades ou amas pouvant facilement les faire confondre avec des staphylocoques à l’examen direct. Leur culture se fait sur gélose au sang incubée sous 5 % de CO2 . En 48 h, apparaissent de petites colonies alpha-hémolytiques dont la catalase est négative pouvant orienter vers un streptocoque. Ces difficultés d’identification ont certainement contribué à la sous-estimation des infections à Aerococcus spp. L’habitat normal d’A. urinae n’est pas connu. Le tube digestif pourrait représenter le réservoir au même titre que les autres pathogènes urinaires. Sur le plan du pouvoir pathogène, les cas publiés d’infections humaines à A. urinae et A. sanguinicola concernent surtout des infections urinaires qui surviennent habituellement chez des sujets âgés, ayant dans la moitié des cas des facteurs prédisposants systémiques (diabète, cancer) ou locaux (cathétérisme, hypertrophie prostatique) [1—4]. En dehors des cas d’infection urinaire, A. urinae et A. sanguinicola ont été reconnus responsables de septicémies et d’endocardites, à point de départ urinaire [5—7]. A. urinae possède la capacité d’activer et d’aggréger les
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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Tableau 1 Caractéristiques morphologiques, aspect au Gram (grossissement × 1000), conditions de croissance, méthodes d’identification et traitement des différents uropathogènes. Bactérie
Morphologie au Gram
Milieu de culture et atmosphère
Identification
Traitement actif
Aerococcus urinae
Cocci à Gram positif en paires, tétrades et amas
Gélose au sang sous CO2
Rapid32Strep, Vitek, MALDI-TOF
Bêtalactamines, Fosfomycine, Glycopeptides
Aerococcus sanguinicola
Cocci à Gram positif en paires, tétrades et amas
Gélose au sang sous CO2
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, cotrimoxazole, glycopeptides
Actinobaculum schaalii
Bacilles courts à Gram positif irréguliers
Gélose au sang Anérobiose préférentielle
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, nitrofurantoine, glycopeptides
Alloscardovia omnicolens
Bacilles à Gram positif fins et irréguliers
Gélose au sang Anérobiose préférentielle
MALDI-TOF ou séquenc ¸age
Bêtalactamines, cotrimoxazole, glycopeptides, fluroquinolones
Trueperella bernardiae
Coccobacilles à Gram positif
Gélose au sang sous CO2 ou anaérobiose
MALDI-TOF ou séquenc ¸age, (ApiCoryne avec inoculum fort)
Bêtalactamines, glycopeptides, fluroquinolones
plaquettes humaines ainsi que celle de former un biofilm, ce qui participe à la formation de végétations sur les valves cardiaques mais aussi certainement à la colonisation de sondes urinaires [8]. Dans une étude menée au CHU Henri-Mondor, sur 350 urines positives à cocci Gram positif et catalase négative autres que entérocoques (2,3 % des ECBU positifs), 30 Aerococcus ont été retrouvés : 20 A. urinae, 2 A. viridans, 8 A. sanguinicola (8,6 %). Aerococcus spp. était retrouvé en culture pure dans 38 % des cas. Cinq cas étaient associés à des entérobactéries [2]. L’analyse cyto-bactériologique
des urines montrait une leucocyturie entre 40 000 et 500 000/mm3 , des cocci à Gram positif en amas à l’examen direct et des petites colonies alpha-hémolytiques en quantité supérieure à 105 UFC/mL en culture. La population infectée était en majorité constituée d’hommes âgés en perte d’autonomie vivant en institution. Des facteurs urologiques favorisants d’ITU étaient présents chez 31 % des patients (incontinence, sonde, pathologies urologiques) et 48 % avaient des conditions favorisantes (pathologies neuro-dégénératives, diabète, anticholinergiques). Beaucoup de ces patients avaient des infections urinaires
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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C. Le Brun et al.
récidivantes. Une étude réalisée à la Mayo Clinic sur 92 patients et 118 épisodes d’infections urinaires retrouve 52 A. sanguinicola et 66 A. urinae avec une majorité de femmes institutionnalisées, un âge moyen des patients de 82 ans et une pathologie prostatique chez 60 % des hommes [7]. A. urinae et A. sanguinicola sont des germes aéroanaérobies dont la croissance est favorisée par l’incubation sous CO2 . En routine, les urines ne sont pas incubées sous CO2 , ce qui peut en partie expliquer la sous-estimation de cette espèce. Les géloses au sang contenant de l’acide nalidixique et de la colistine (ANC) permettent de les sélectionner dans des prélèvements où ils sont associés à des bacilles à Gram négatif. La culture est possible sur différents milieux chromogènes urinaires, les colonies sont très fines, petites et de couleur variable suivant les milieux après 24 à 48 h d’incubation. Sur gélose au sang, les colonies apparaissent alpha-hémolytiques de très petite taille après 24 h d’incubation, plus nettes après 48 heures d’incubation. Le diagnostic différentiel se pose avec les organismes streptocoques-like. Les galeries miniaturisées API32 STREP (bioMérieux) permettent une excellente identification de A. urinae. L’identification biochimique avec le système vitek GP n’est pas mauvaise pour A. urinae et A. viridans. Pour A. sanguinicola, il faut être prudent avec les identifications rendues par les galeries : une grande partie des souches rendues A. viridans auparavant pourraient être des A. sanguinicola. Il faut être vigilant si l’indice de typicité T est faible alors que le pourcentage d’identification est élevé. La mise à jour des bases de données est nécessaire. Il faut confirmer l’identification par MALDI-TOF ou séquenc ¸age du gène de l’ARNr16S ou du gène sodA. La spectrométrie de masse MALDI-TOF (Bruker Daltonics microflex LT system) permet une identification rapide et fiable des Aerococcus au rang d’espèce [9]. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, A. urinae et A. sanguinicola sont sensibles aux bêtalactamines : ils ont des CMI très basses aux pénicillines et relativement basses aux céphalosporines et carbapénèmes [10,11]. A. viridans a des CMI plus élevées aux pénicillines et des cas de résistance acquise sont décrits [2]. Les Aerococcus spp., sont sensibles aux glycopeptides, à la rifampicine, aux cyclines, au linézolide et à la gentamicine. Ils sont inconstamment sensibles aux macrolides [1,2,7,12]. Les études portant sur la sensibilité d’A. urinae au cotrimoxazole sont contradictoires : il est intrinsèquement résistant aux sulfamides et la plupart des études le décrivent résistant au triméthoprime mais il semblerait que cela dépende du milieu utilisé pour le tester [1,2,13]. La sensibilité d’A. sanguinicola au cotrimoxazole est variable selon les études [2,6,11]. L’activité des fluoroquinolones est variable : pour la lévofloxacine, le pourcentage de résistance varie de 0 à 30 % chez A. urinae, et semblerait plus fréquente chez A. sanguinicola [1,7]. Parmi les antibiotiques utilisés dans le traitement des infections urinaires, la fosfomycine a une activité sur A. urinae mais pas sur A. sanguinicola [2,14]. La nitrofurantoine serait active sur A. urinae mais il n’y a pas de données pour A. sanguinicola [13]. Le traitement repose donc sur les bêtalactamines en cas d’infection urinaire simple. Elles peuvent être associées à un aminoside en cas d’infection urinaire compliquée ou de bactériémie. En cas d’allergie à la pénicilline, la vancomycine est une alternative.
Actinobaculum spp. : un pathogène urinaire certainement sous-estimé Le genre Actinobaculum a été créé assez récemment, en 1997 [15]. Il appartient à la famille des Actinomycetaceae. Ce sont des bacilles à Gram positif qui sont proches des espèces des genres Arcanobacterium, Mobiluncus et Actinomyces. Il existe 4 espèces décrites à ce jour : Actinobaculum schaalii, Actinobaculum urinale, Actinobaculum massiliae et Actinobaculum suis (http://bacterio.cict.fr). Actinobaculum suis n’est décrit qu’en médecine vétérinaire, A. urinale et A. massiliae n’ont été retrouvés que dans de très rares cas d’infections humaines. En revanche, A. schaalii a été retrouvé dans plus de 130 cas d’infections humaines depuis 2005 et particulièrement dans des ITU [16]. A. schaalii est un petit bacille court, pléiomorphe à Gram positif, non sporulé et immobile. Il possède peu d’activités enzymatiques et est anaérobie préférentiel. Sa croissance est lente : il forme de petites colonies sur gélose au sang incubée 48 h en anaérobiose ou sous 5 % de CO2 . Le réservoir de cette bactérie est inconnu, c’est un commensal du tractus urogénital. Il est principalement retrouvé dans les urines mais aussi au niveau de la peau et de la muqueuse vaginale. Il est absent du tube digestif [17]. A. schaalii est un pathogène opportuniste probablement sous-estimé ou considéré à tort comme un contaminant. Dans une étude de Bank et al. recherchant A. Schaalii dans les urines par une technique de PCR quantitative, la prévalence était estimée à 16 % mais passait à 22 % chez les sujets âgés [18]. L’existence de conditions prédisposantes telles qu’un âge > 60 ans ou < 3 ans ou une pathologie urinaire sous-jacente favorise le portage. Il est souvent difficile de faire la distinction entre colonisation et infection. Une autre étude de Bank et al. montre que chez 13 % des sujets âgés, de l’ADN d’A. schaalii peut être détecté dans les urines sans qu’il n’y ait de signes cliniques [19]. Les manifestations cliniques engendrées par A. schaalii sont diverses mais dans 75 % des cas, il s’agit d’ITU allant de la cystite à la pyélonéphrite et l’urosepsis grave [19—24]. Les prélèvements biologiques dans lesquels on le retrouve sont donc principalement les urines et les hémocultures. Quatre-vingt-dix-neuf pour cent des patients infectés ont plus de 65 ans et sont majoritairement des hommes (H/F 1,5). La plupart ont les facteurs de risques urologiques suivants : incontinence, sonde urinaire ou JJ, adénome ou adénocarcinome prostatique, vessie neurologique, calculs rénaux, sténose de l’urètre, cystocèle, insuffisance rénale chronique, pyonéphrose, hydronéphrose, anomalies de la jonction pyélo-urétérale [16]. Comment faire son diagnostic ? Il faut un bactériologiste vigilant. Sur des urines infectées avec de nombreux leucocytes, de nombreux bacilles Gram positif à l’examen direct et une bandelette urinaire négative pour les nitrites ainsi qu’une absence de croissance bactérienne sur les milieux habituels ensemencés pour les urocultures, il faut y penser et ensemencer une gélose au sang en anaérobiose. Les colonies de A. schaalii apparaissent petites, alpha-hémolytiques en 48 h. L’identification biochimique de ce germe par les techniques classiques d’identification en galeries (API, Vitek, phoenix) est mise en défaut. Une identification fiable peut se faire par séquenc ¸age du gène rrs codant pour l’ARNr 16S. Parmi les spectromètres de masse MALDI-TOF, le
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Mise au point : les uropathogènes émergents Microflex Biotyper (Bruker Daltonik) permet l’identification d’A. schaalii, ce que ne permet pas le VitekMS (bioMérieux) pour l’instant (profil de Gardnerella vaginalis ou Actinomyces meyeri dans notre expérience) [16]. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, A. schaalii est sensible aux bêtalactamines, à la vancomycine, aux furanes, aux cyclines, au linézolide et à la gentamicine [22,25,26]. Il est inconstamment sensible aux macrolides. Les fluoroquinolones et le cotrimoxazole sont presque constamment inactifs. Ces deux dernières classes d’antibiotiques sont pourtant fréquemment utilisées en urologie, ce qui peut aussi expliquer des récidives d’infections à germes non identifiés. Cependant les nouvelles fluoroquinolones antipneumococciques (moxifloxacine et lévofloxacine) ont souvent une bonne activité [26]. Bien que le mecillinam puisse être un antibiotique de choix dans les ITU, sa sensibilité est variable : une étude rapporte 18 isolats avec des CMI très basses et une autre 28 % de résistance [19,25]. Le traitement repose donc sur les bêtalactamines (amoxicilline, céfuroxime, ceftriaxone) associées ou non à un aminoside (gentamicine) pour une durée d’au moins 2 semaines. Il n’existe pas de consensus à ce sujet mais des récidives ont eu lieu lors de traitements courts.
Alloscardovia omnicolens : le dernier né Le genre Alloscardovia décrit en 2007 est rattaché à la famille des Bifidobacteriaceae. Il comprend à ce jour une seule espèce : A. omnicolens. Ce sont des bacilles fins et irréguliers à Gram positif (avec parfois des zones Gram négatif), immobiles et non sporulés. Leur croissance se fait en anaérobiose sur gélose au sang en 24—48 h à 35 ◦ C. Les colonies sont de petite taille (< 1 mm) avec parfois une légère hémolyse en 48 h. L’habitat naturel d’A. omnicolens n’est pas connu. C’est probablement un commensal du tractus urogénital. Il est principalement retrouvé dans les urines, mais aussi dans la cavité orale, l’urètre et la muqueuse vaginale [27,28]. Une trentaine de cas d’infections à A. omnicolens sont actuellement rapportés dans la littérature dont 21 infections urinaires [29]. A. omnicolens est très difficile à identifier avec les méthodes phénotypiques traditionnelles et les méthodes d’identification conventionnelles (API, Vitek) et c’est sans doute cela qui en fait un germe méconnu. Au CHU de Caen, sur 15 souches cliniques testées, l’identification a été possible par MALDI-TOF (Bruker) pour quatorze d’entre elles. L’identification par biologie moléculaire reste une méthode de choix : 100 % des souches identifiées à l’espèce par séquenc ¸age du gène rrs et du gène hsp60 [29]. Le diagnostic bactériologique d’une ITU à A. omnicolens doit être évoqué devant une ITU chez un patient immunodéprimé, âgé ou avec des antécédents de pathologie rénale, la présence d’une leucocyturie et des bacilles à Gram positif à l’examen direct alors que les cultures sur milieux usuels sont négatives. Le bactériologiste doit être amené à ensemencer des milieux riches qui seront incubés en anaérobiose et sous CO2 . A. omnicolens ne pose pas de problèmes particuliers de résistance. Cette bactérie est sensible aux bêtalactamines, au cotrimoxazole, aux quinolones, à la gentamicine et la vancomycine. Sa sensibilité aux macrolides est variable. Le traitement de choix est basé sur les bêtalactamines et en particulier les pénicillines. Elles peuvent être associées
5 aux fluoroquinolones. Les alternatives possibles sont le cotrimoxazole et les glycopeptides. Un des problèmes du traitement repose sur l’utilisation en traitement empirique des furanes car 42 % des souches sont résistantes.
Trueperella bernardiae : futur uropathogène émergent ? Le genre Trueperella a été créé récemment en 2011. Les progrès en identification génotypique par séquenc ¸age du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S ont entraîné des changements taxonomiques dans la classification de ces bactéries corynéformes, les rangeant dans les Actinomyces ou Arcanobacterium, malgré l’absence typique de ramification et l’anaérobiose préférentielle. T. bernardiae s’est d’abord appelée Actinomyces puis Arcanobacterium. Les Trueperella sont des bacilles à Gram positif, courts, coccobacillaires. Il y a 5 espèces décrites à ce jour : Trueperella pyogenes (1903), T. bernardiae (1995), Trueperella bialowiezense (2006), Trueperella bonasi (2006) et Trueperella abortisuis (2009) [30] (www.bacterio.cict.fr/). Son habitat est mal connu. Le genre Trueperella est saprophyte des muqueuses des mammifères. Chez l’homme, le réservoir de cette bactérie est méconnu même si une origine cutanée est parfois évoquée. Les infections documentées à T. bernardiae sont rares. T. bernardiae a été isolé d’abcès cutanéo-muqueux, de septicémies, d’arthrites, d’ostéites, d’un abcès périnéphrétique compliqué d’un pyothorax, d’infections urinaires parfois sévères chez des patients porteurs d’une dérivation urétéro-iléale [31—34]. Son véritable rôle pathogène est encore mal connu. L’identification de T. bernardiae n’est pas facile. C’est un bacille à Gram positif immobile, plutôt cocco-bacillaire et ne prenant pas la coloration de Ziehl. Il pousse en 48 h, préférentiellement en anaérobiose ou sous 5 % de CO2 sur gélose au sang sous forme de petites colonies blanches, d’activité hémolytique variable. Ils sont dépourvus de catalase. L’identification phénotypique peut se faire avec des systèmes commerciaux. Sur galerie API Coryne (bioMérieux), un fort inoculum est recommandé, l’identification pouvant sinon orienter vers Gardnerella vaginalis. Sur Vitek 2 (bioMérieux), la carte Vitek GP dont la base de données ne comprend pas Trueperella peut rendre G. vaginalis et la carte Vitek ANC, A. meyeri alors qu’elle comprend Trueperella pyogenes. Le MALDI-TOF les identifie parfaitement. Au niveau de la sensibilité aux antibiotiques, T. bernardiae est en règle générale très sensible aux antibiotiques. Les bêtalactamines, la rifampicine, les tétracyclines ont des CMI très basses. Les aminosides et les quinolones ont une activité réduite ; le métronidazole n’est pas actif sur Trueperella. Les glycopeptides semblent avoir une bonne activité sur T. bernardiae. Les macrolides ont une excellente activité et sont une alternative au traitement par les bêtalactamines dans des infections autres qu’urinaires. Les traitements des différents cas d’infections humaines à T. bernardiae ont été menés avec succès par bêtalactamines (amoxicilline), clindamycine et acide fusidique, ainsi qu’une association de rifampicine et d’ofloxacine [32—34]. Même si les cas d’infection urinaire à T. bernardiae restent rares, les progrès réalisés en identification bactérienne
Pour citer cet article : Le Brun C, et al. Mise au point : les uropathogènes émergents. Prog Urol (2015), http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2015.01.021
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devraient permettre d’éclaircir son implication dans cette pathologie. Il ne faut cependant pas le méconnaître chez des patients avec des pathologies urologiques préexistantes ou porteurs de sondes de dérivation.
Discussion Les bacilles à Gram positif et les cocci à Gram positif autres que les entérocoques sont généralement considérés comme des contaminants non pathogènes dans les infections du tractus urinaire. Même si Aerococcus, Actinobaculum, Alloscardovia et Trueperella sont rares, ils n’en sont pas moins cliniquement importants. Ils ont certainement été sous-estimés du fait de leur isolement difficile nécessitant des conditions d’incubation particulières mais également en raison des performances médiocres des méthodes conventionnelles d’identification. De plus, ils sont souvent associés à d’autres pathogènes urinaires comme des entérobactéries ou des entérocoques et de ce fait même si l’on voit sur la gélose d’autres petites colonies, elles sont souvent considérées comme une contamination par une flore urogénitale. Il n’est pas rare de retrouver Actinobaculum et Aerococcus en association. Les outils tels que le séquenc ¸age moléculaire et le MALDI-TOF sont nécessaires pour permettre une identification plus performante de ces espèces avec dans certains cas la nécessité de compléter les bases de données. Ils constituent peut-être une cause plus fréquente d’ITU que la part qui leur est attribuée. Des recommandations récentes viennent d’être publiées concernant l’optimisation de la détection et de l’identification d’A. schaalii dans les urines [35]. Elles encouragent les urologues, les pédiatres et tous les cliniciens à alerter le bactériologiste devant des patients présentant des ITU récidivantes inexpliquées ou des patients avec des ITU ne répondant pas au cotrimoxazole ou à la ciprofloxacine afin de s’assurer que l’urine ait bien été incubée sous CO2 ou en anaérobiose. Pour les bactériologistes, il est recommandé de réensemencer l’urine sur une gélose au sang incubée sous CO2 ou en anaérobiose pendant 48 h si l’urine provient de patients âgés, de petits enfants ou de patients avec des ITU récidivantes qui présentent une leucocyturie alors qu’il n’y a pas de croissance bactérienne en aérobiose. Si de petites colonies grises, dimorphiques, catalase négative poussent sur la gélose et qu’il s’agit de bacilles à Gram positif courts et pléiomorphes, l’identification doit être poursuivie par MALDI-TOF ou séquenc ¸age de l’ARNr 16S. Ces recommandations pourraient être étendues aux autres uropathogènes décrits dans l’article.
Conclusion Même si la détection optimale de ces uropathogènes passe par un examen direct systématique et l’incubation sur une gélose au sang sous CO2 de toutes les urines, cela apparaît difficilement réalisable en routine. Il nous paraîtrait cependant judicieux de cibler les urines des patients à risque (personnes âgées, enfant < 3 ans, récidive d’infection, facteurs de risque urologique) qui présentent une leucocyturie pour réaliser une coloration de Gram sur les urines. Si des bacilles à Gram positif ou des cocci à Gram positif sont retrouvés, dans ce cas il sera indispensable d’ensemencer
une gélose au sang sous CO2 ou en anaérobiose avec éventuellement un disque de ciprofloxacine et de cotrimoxazole pour les bacilles à Gram positif. L’identification de toutes les petites colonies grises ou alpha-hémolytiques pouvant faire évoquer une contamination par une flore génitale doit se faire de manière plus systématique lorsqu’une leucocyturie est présente et ce même en présence de bacilles à Gram négatif associés. Néanmoins des études prospectives méritent d’être mises en place pour connaître précisément le rôle de ces nouveaux pathogènes dans les pathologies urinaires.
Déclaration d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
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